A história de Shadow of the Colossus se resume basicamente em um protagonista chamado Wander e a sua fiel égua chamada Agro invadirem a “Região Proibida” (ou Forbidden Land, em inglês) para salvarem a garota chamada Mono, que teria sido sacrificada por crenças de que ela possuía um espírito amaldiçoado. O cenário do jogo consiste de um vale diversificado em uma região montanhosa, com a vista para o mar no sul. Wander está à procura de Dormin, uma entidade sem corpo que segundo a lenda de seu povo é capaz de retornar as almas para este mundo.Ao chegar no Templo de Adoração, Dormin que é interpretado por duas vozes, uma masculina e outra feminina, explica à Wander que para ressuscitar Mono seria necessário que ele derrubasse todos os 16 ídolos, os quais se encontram encarnados em forma de colossos e que só é possível destruí-los usando a Espada Ancestral, roubada por Wander de Lord Emon.